此次审计报告中指出，国家发改委存在七项问题，包括国债资金的拨付使用、违规下达淮河项目投资等。

发改委未能有效下达国债投资计划，影响到国债投资的预期效益，增加了国家的债务成本。审计报告指出，至2005年年底，尚有国债资金234.54亿元没有安排下达或投入使用，已拨付的国债投资有22.81亿元结存在南水北调工程项目中，未投入使用。

报告显示，在“淮北大堤除险加固工程”等5个项目的可行性研究报告、“淮河干流上中游河道整治及堤防加固工程”等5个项目的初步设计尚未得到批复的情况下，发改委下达中央预算内投资计划10.9亿元，不符合国家关于基本建设程序的规定。

部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。2005年，发改委、交通部分别使用“中央预算内投资”、“国债投资”、“车购税”

和“以工代赈”等资金263.3亿元，安排“县际和农村公路改造”、“通达工程”、“乡村公路”等6项专项投资，这些专项均涉及农村公路建设，内容相近，资金多头下达。